El Genóma del SARS-CoV-2
El genoma del SARS-CoV-2 consta de una única cadena de ARN positivo de aproximadamente 29,9 kb de largo.El genoma del SARS-CoV-2 tiene 14 marcos de lectura abiertos (ORF, del inglés open reading frames) que codifican diferentes proteínas:
Proteínas estructurales: gen Spike (S), gen de Envoltura (E), gen de Membrana (M) y gen de Nucleocapside (N).
Proteínas no estructurales: complejo de replicación (ORF1a y ORF1b), y varias ORF no estructurales no identificadas
La proteína de la espícula (S, del inglés, spike) cubre la superficie del SARS-CoV-2 y se une al receptor de células hospederas convertasa 2 de la angiotensina (ACE2), facilitando la entrada del virus en la célula mediante la fusión de membranas virales y de las células huésped.
Cambios en la proteína de la espícula (del inglés, Spike protein) pueden resultar en cambios en la transmisibilidad del virus o en la virulencia.
La proteína S del SARS-CoV-2 es el blanco de la mayoría de las vacunas actualmente aprobadas o en desarrollo. Por lo tanto, las mutaciones en la proteína S deben ser estrechamente monitoreadas.
¿De dónde surgen los datos para la vigilancia genómica?
Los científicos utilizan un proceso llamado secuenciación genómica para identificar las variantes del SARS-CoV-2. Secuencian las muestras virales tomadas de una parte de las muestras de personas que dan positivo a COVID-19. Se necesita más tiempo para preparar y secuenciar la muestra viral y luego analizar los datos de la secuencia. Esto puede demorar desde unos días hasta unas semanas.
¿Por qué es importante la secuenciación genómica?
Porque a través de este proceso se puede contar rápidamente con la información necesaria para implementar los esfuerzos de respuesta de salud pública. Los programas de vacunación, tratamientos y realización de pruebas pueden mejorarse con base en una vigilancia actualizada periódicamente de las variantes, incluida la actualización de las futuras vacunas, si fuese necesario.
La detección de variantes que son más transmisibles o que causan una enfermedad más grave permite estar preparados en caso de un brote; asimismo, aporta información para las medidas de prevención y para el fortalecimiento de la respuesta de salud pública.
Estas secuenciaciones tienen información valiosa que los científicos utilizan para:
• Caracterizar el virus
• Estimar la prevalencia de una determinada variante en una población